特許經(jīng)營合同涉及諸多的法律的、技術(shù)的和管理的專業(yè)問題，對合同中出現(xiàn)的一些專業(yè)用語，如管理體系、商標許可使用、區(qū)域保護、加盟金、特許經(jīng)營使用費、產(chǎn)品和服務(wù)的內(nèi)容等。因?qū)ι鲜鰧ｉT用語的理解不同，特許雙方經(jīng)常發(fā)生糾紛。為了避免這種情況發(fā)生，對這些專門用語的內(nèi)涵和外延進行明確界定具有重要的意義。如某特許經(jīng)營合同規(guī)定：“管理體系是指特許人所有的有價值的專用商名、商標、建筑風格、培訓體系、財務(wù)體系、經(jīng)營訣竅和專有技術(shù)。它的核心內(nèi)容是某某商標及其經(jīng)營管理標準和技術(shù)質(zhì)量標準”。又如：“本合同所稱產(chǎn)品是指特許人代理銷售的某某牌石油化工全系列產(chǎn)品及特許人代理的各種汽車清洗養(yǎng)護設(shè)備。包括......”。

盡管在特許經(jīng)營合同中，雙方是各自獨立的民事主體，但實踐中經(jīng)常會出現(xiàn)這樣兩種情況：一是被特許人可以作為分特許人，其發(fā)展的加盟商因和分特許人的糾紛而直接要求特許人負責；二是被特許人的顧客因和被特許人的糾紛而直接找到特許人。雖然最終特許人可能不承擔責任，但畢竟會給其帶來麻煩，以及時間和精力上的損失。因此，合同中最好明確：雙方的法律地位是平等的，雙方之間是合作的關(guān)系，在法律上也僅是基于特許經(jīng)營合同建立的特許經(jīng)營法律關(guān)系，而不是任何共同投資、承包、合伙、委托、代理、雇傭或者公司與分公司的關(guān)系。雙方各自獨立核算、自負盈虧。任何一方均無權(quán)以對方的名義訂立合同或從事其他行為，使對方對第三方承擔責任。否則對方有權(quán)進行追償，并有權(quán)要求賠償其損失。在承擔法律責任問題上，雙方除因本合同關(guān)系需要承擔責任外，本合同之外的法律責任均應(yīng)各自承擔。

被特許人在與特許人簽定合同后，一般要設(shè)立加盟店。加盟店的形式采用“個體工商戶”和“個人獨資企業(yè)”的較多見，但也有采用“合伙企業(yè)”和“公司”形式的。無論何種形式，都應(yīng)該明確：加盟店視為被特許人本身，享有本合同約定的權(quán)利，承擔本合同約定的義務(wù)。

在被特許人采取“合伙企業(yè)”的形式設(shè)立加盟店時，其應(yīng)將擬訂中的合伙人的基本信息書面通知特許人，經(jīng)特許人認可后，被特許人才能與擬訂中合伙人簽定合伙協(xié)議。合伙協(xié)議中應(yīng)當載明合伙企業(yè)專為開加盟店而設(shè)立，合伙企業(yè)及合伙人完全受本合同約束，并秉承善意履行本合同。合伙協(xié)議應(yīng)交一份給被特許人備案，如被特許人或合伙企業(yè)的內(nèi)部組織有任何變動時，被特許人應(yīng)及時將變更情況報告特許人。

在被特許人采取“公司”的形式設(shè)立加盟店時，其應(yīng)將擬訂中的股東的基本信息書面通知特許人，經(jīng)特許人認可后，被特許人才能與擬訂中的股東簽定出資協(xié)議，且被特許人最好處于控股地位。非經(jīng)特許人書面同意，被特許人在本合同期間不得轉(zhuǎn)讓其所有的股份，否則，特許人享有本合同解除權(quán)。出資協(xié)議中應(yīng)當載明公司專為開加盟店而設(shè)立，公司及其股東完全受本合同約束，并秉承善意履行本合同。出資協(xié)議及公司章程應(yīng)交一份給被特許人備案，如被特許人或公司的內(nèi)部組織有任何變動時，被特許人應(yīng)及時將變更情況報告特許人。

《條例》第十二條規(guī)定“特許人和被特許人應(yīng)當在特許經(jīng)營合同中約定，被特許人在特許經(jīng)營合同訂立后一定期限內(nèi)，可以單方解除合同”。本條是對被特許人的保護條款。在特許經(jīng)營合同簽訂之前，由于合同雙方在談判實力、經(jīng)驗方面的差別，或者由于被特許人受到某些誤導，可能導致一時沖動決定簽約，從而沒有反映被特許人的真實意思。因此，本條借鑒國外特許經(jīng)營立法經(jīng)驗，明確規(guī)定特許經(jīng)營合同中必須約定一個“冷靜期”，以緩沖一下被特許人的投資沖動，使其平靜下來認真斟酌，并賦予其反悔的權(quán)利，以便更好地保護自己的利益。這種悔約權(quán)是一種法定的合同解除權(quán)而非違約特權(quán)，更不能解釋為特許人也有權(quán)單方解除合同。

但是，本條并沒有明確規(guī)定“冷靜期”的具體期限，這使被特許人行使這項權(quán)利時如何掌握以及特許人在招商過程中如何規(guī)范留下了一個很大的問題。冷靜期過短不利于保護被特許人，達不到立法初衷。冷靜期過長又可能導致被特許人權(quán)利濫用，損害特許人的合法權(quán)益，有悖于公平原則。

商業(yè)秘密是指不為公眾所知悉、能為權(quán)利人帶來經(jīng)濟利益、具有實用性并經(jīng)權(quán)利人采取保密措施的技術(shù)信息和經(jīng)營信息。商業(yè)秘密的屬性：實用性、保密性。特許經(jīng)營合同的核心是無形資產(chǎn)的許可使用，其中對經(jīng)營訣竅、技術(shù)機密等的保密問題十分重要。因此特許經(jīng)營合同都有保密條款。如某特許經(jīng)營合同規(guī)定：“乙方（被特許者）及加盟店應(yīng)將《手冊》及為履行本合同所制定或批準的其它資料所含內(nèi)容列為機密，并使處于保密狀態(tài)。未經(jīng)甲方（特許人）書面同意，乙方及加盟店不得復(fù)制、記錄或以其它方式泄露給他人，乙方及加盟店承諾在整個合同期內(nèi)和合同期滿后十年內(nèi)，不將其所知悉的任何保密的知識、經(jīng)營方法等向其他個人、組織、公司透露”。

特許經(jīng)營最大的弱點就是容易制造出競爭者，為了防止被特許者學到企業(yè)的經(jīng)營訣竅和技術(shù)機密后獨立開展特許經(jīng)營業(yè)務(wù)，特許人往往在特許經(jīng)營合同中規(guī)定限制競爭條款。如某特許經(jīng)營合同規(guī)定：“被特許人承諾‘在本合同有效期以及合同有效期屆滿后十年內(nèi)，被特許者不得從事與甲方（特許人）業(yè)務(wù)有競爭性的經(jīng)營活動’”。同時，特許合同還可以包含竟業(yè)禁止條款，竟業(yè)禁止條款是指特許者要求加盟者與其員工簽訂含有竟業(yè)禁止條款的勞動合同。

加盟店經(jīng)營好壞不僅關(guān)系到加盟店的切身利益，而且關(guān)系到整個特許經(jīng)營體系的成敗。因此特許人對申請加盟者需要進行甄選，只有經(jīng)考核合格的申請者才獲準進入特許經(jīng)營體系。所以，特許人不允許被特許人擅自轉(zhuǎn)讓加盟店，對此，特許人應(yīng)在合同中明確合同轉(zhuǎn)讓的條件。另一方面，申請加盟者應(yīng)該充分注意不易退出特許體系這一點。如某特許經(jīng)營合同規(guī)定：“未經(jīng)特許人的書面同意，乙方（被特許人）不得擅自將加盟店轉(zhuǎn)讓給他人。否則，甲方（特許人）有權(quán)解除本合同，并追究乙方的違約責任”。

由于加盟店經(jīng)營的好壞關(guān)系到整個特許經(jīng)營體系的利益，一旦某一個加盟店經(jīng)營不善關(guān)門歇業(yè)，整個特許經(jīng)營體系的聲譽和形象將受到影響。在這種情況下，特許人總是要力圖接管該加盟店，使其盡可能恢復(fù)經(jīng)營。但是，對于一些投資大且必須在繁華地段開業(yè)的加盟店，特許人的接管有時會遇到門店租賃的問題。如某特許人在某大城市有一家加盟店，開業(yè)時間是二OO五年底，被特許人的門店租賃期十年。開業(yè)后，由于被特許人沒有經(jīng)驗，加上沒有投入足夠的精力進行經(jīng)營管理，經(jīng)營情況不理想。經(jīng)協(xié)商，被特許人同意由特許人接管該加盟店，特許人擬將該店的經(jīng)營權(quán)授予給另外一個申請加盟者，但這涉及到門店轉(zhuǎn)租的問題。由于房價上漲等原因，原房東堅決不同意加盟店的接管者繼續(xù)承租該門店，而有關(guān)法律規(guī)定轉(zhuǎn)租房屋必須經(jīng)出租人同意。致使特許人被迫放棄接管該加盟店的計劃，特許經(jīng)營體系在該地區(qū)的形象和聲譽受到一定的影響。其實這種情況是可以避免的。做法是：在被特許人與出租人簽訂門店租賃合同時，特許人可以作為第三方介入，簽訂一個三方合同。在合同中規(guī)定，如被特許人經(jīng)營不善或其他原因需將加盟店交給特許人接管時，在合同規(guī)定的承租期內(nèi)，被特許人有轉(zhuǎn)租權(quán)，特許人或其同意的其他組織或個人享有承租權(quán)。