（一）特許經(jīng)營是總部和加盟店依照特許經(jīng)營合同成立的，而自由連鎖是各企業(yè)自發(fā)、自愿共同結(jié)成的組織。特許經(jīng)營加盟店在合同期內(nèi)不能自由退出，自由連鎖的各店鋪可以自由退出。

（二）特許經(jīng)營的加盟店與總部之間是縱向關(guān)系，各加盟店沒有橫向聯(lián)系。自由連鎖的各店鋪之間則存在橫向聯(lián)系。自由連鎖各店鋪的經(jīng)營自主權(quán)比特許經(jīng)營加盟店多，相互聯(lián)系更為松散。

（三）特許經(jīng)營中沒有總部對加盟店的利潤返還機(jī)制。自由連鎖是由店鋪集資組成，所以各店鋪可以得到由總部利潤中作為戰(zhàn)略性投資的、持續(xù)性的利潤返還。

（四）特許經(jīng)營中有特許經(jīng)營費(fèi)用和保證金等。自由連鎖總部一般是非營利性機(jī)構(gòu)，不收或收取少量的會(huì)費(fèi)。

（五）特許經(jīng)營體系通常依托于特許人開發(fā)的品牌和技術(shù)等經(jīng)營資源，而自由連鎖則沒有這些特點(diǎn)。